Für die Zahlung der Stempelsteuer auf elektronische Rechnungen bietet die Steuerbehörde zwei Methoden an: Abbuchung vom Bankkonto oder vorausgefülltes Formular F24. Jedes Quartal werden auf der Website der Agentur die Listen A (nicht abänderbar) und B (abänderbar) mit den stempel-steuerpflichtigen Rechnungen veröffentlicht, insofern diese anfällt, d.h.
wenn diese Steuer nach den geltenden Vorschriften anwendbar ist. Für Zahlungen von weniger als 5.000,00 € gibt es Vereinfachungen. Es steht ein neuer Civis-Dienst zur Verfügung, um versäumte oder fehlerhafte Zahlungen zu nachzuholen oder zu korrigieren.